Les obstacles en rivière, quelles que soient leur nature (seuil, barrage, vannage…), leur taille ou leur fonction, vont bloquer l’écoulement de l’eau, ce qui a un certain impact sur le milieu naturel. Plus l’ouvrage va être haut, plus l’impact sera important. La remontée voire la descente des poissons va être largement contrainte voire impossible. Cela est néfaste pour certaines espèces qui ont besoin de migrer tout au long du cours d’eau pour accomplir leur cycle de vie. Par exemple, l’Anguille vient grossir en rivière après s’être reproduite en mer. Les sédiments (cailloux, sables, limons…) transportés par le cours d’eau vont être bloqués derrière l’obstacle. Le cours d’eau va donc s’envaser en amont de l’obstacle, et manquer de sédiments en aval. Or, les sédiments sont les premiers supports de vie. Ils permettent le développement des macro-invertébrés et autres petits organismes aquatiques qui sont à la base de la chaine alimentaire. Non colmatés, ils permettent également le frai des poissons. La rivière en amont de l’obstacle va prendre une physionomie d’étang. Le lit va s’élargir et l’écoulement va être très ralenti. Cela entrainera un réchauffement de l’eau et une moins bonne oxygénation, ce qui est néfaste pour la vie aquatique.
Par ailleurs, la continuité écologique est une obligation réglementaire visée par l’article L211-17 du Code de l’Environnement pour les cours d’eau classés liste 1 et / ou 2.

L’inscription d’un cours d’eau en liste 1 vise à protéger sa valeur patrimoniale naturelle au fur et à mesure du renouvellement des autorisations. Ainsi, en liste 1, aucune nouvelle autorisation n’est délivrée si l’ouvrage ne respecte pas la continuité. L’inscription en liste 2 vise le rétablissement de la continuité écologique sur l’ensemble du cours. Ainsi, en liste 2, tous les ouvrages présents doivent respecter la continuité.

La Cisse est classée liste 1 et 2.

Trois grands types de solutions existent pour rétablir la continuité, en fonction de la nature de l’obstacle, des usages associés et de son état.

L’effacement

L’effacement est la solution la plus pérenne car c’est celle qui va permettre de redonner à la rivière le profil le plus naturel. Une fois l’ouvrage enlevé, des travaux d’accompagnement vont aider la rivière à retrouver une morphologie naturelle. Les berges vont être adoucies, des banquettes vont être terrassées en alternance pour redonner une certaine sinuosité au lit et adopter une largeur adaptée aux nouvelles hauteurs d’eau. Des sédiments vont être disposés dans le fond du lit pour créer une alternance radiers (zones hautes) / mouilles (zones profondes), et ainsi diversifier les habitats.

Le bras de contournement

Lorsqu’un usage subsiste (Moulin par exemple), une rivière est créée pour contourner l’obstacle. Ainsi, le transit piscicole est rétabli et le transit sédimentaire amélioré. La rivière en amont ne retrouve cependant pas une physionomie totalement naturelle car l’obstacle qui reste ralentit toujours en partie les écoulements et induit un élargissement du cours d’eau. Il s’agit cependant d’un bon compromis entre patrimoine naturel et bâti.

La passe à poissons

Lorsque l’obstacle doit être conservé totalement, ou que le contournement ne peut pas être envisagé, une passe ou échelle à poissons est installée. C’est l’aménagement le moins efficace et le moins pérenne. En effet seul le passage de certains poissons est permis, le transit sédimentaire n’est pas rétabli, et la rivière en amont reste sur une physionomie d’étang. Par ailleurs, pour que la passe soit fonctionnelle elle doit être déblayée régulièrement. L’entretien sur ce type d’ouvrage est donc important.